Perdue, seule, et sans aucun souvenir de comment elle est arrivée ici ni où sont ses parents, elle est accueillie par deux lucioles - l'une composée entièrement de lumière, et l'autre qui se cache parmi les ombres. En passant d'un monde de lumière à un monde d'ombres, ces deux lucioles doivent travailler ensemble pour récupérer les souvenirs de Mion et la guider hors des ruines, où des bêtes d'ombres voraces, des machines anciennes et des pièges traîtres attendent pour lui barrer la route. Mais quels secrets renferment les souvenirs perdus de Mion ? Quel est le lien entre elle, les ruines et les lucioles qui éclairent son évasion ? Les réponses peuvent révéler une obscurité plus profonde - une qui doit être affrontée de l'intérieur.